淮安市妇幼保健院内科成立于建院初期，现有8名医师，其中主任医师1人、副主任医师3人，硕士研究生5人，市级专业委员会委员4人。承担着内科常见病和多发病的诊疗、肿瘤病人化疗、戒烟门诊、便民门诊、双拥门诊以及院内会诊工作。

2023年7月31日开设了内科病区，位于白云路院区病房楼10楼西侧，设有床位36张。日常收治的病种有：呼吸道疾病、心脑血管疾病、消化道疾病、内分泌疾病、妊娠及哺乳期妇女合并内科疾病、代谢性疾病以及各种常见恶性肿瘤等。孕产妇合并症的诊疗是内科特色，诊疗水平在全市领先。肿瘤亚专科是淮安市肿瘤科专科联盟理事单位，长期收治乳腺癌、肺癌、卵巢癌、宫颈癌、消化道肿瘤等常见肿瘤。现有C13呼气试验对人胃内HP（幽门螺旋杆菌）感染诊断项目，成人胃肠镜检查与诊治已正常开展。