淮安市妇幼保健院妇科成立于1984年，2002年成为淮安市临床重点专科，2019年成为江苏省妇幼健康重点学科，2025年成为江苏省临床重点专科建设单位。科室拥有高级职称12人，博士及在读博士4人，硕士16人，国家级学会/协会委员3人，省级学会/协会委员7人，市级学会/协会副主委4名、委员4名，淮安市英才工程骨干人才3人。

白云路院区及人民路院区均开设妇科，实行两院区门诊病房一体化、同质化管理，总床位100张。科室设置妇科肿瘤、普通妇科、妇科泌尿、妇科内分泌、盆底疾病诊治中心等亚专科，并设有子宫内膜异位症诊治中心、宫腔镜诊治中心。综合诊治妇科各种常见病、多发病；进行规范的子宫颈癌前病变、子宫内膜病变的筛查和诊治，子宫内膜异位症的综合治疗；盆底疾病的综合诊治；妇科肿瘤的早诊早治。广泛采用腹腔镜、宫腔镜等妇科内镜技术，目前已形成以微创为主的妇科手术治疗体系，可经脐单孔及经阴道单孔手术、恶性肿瘤早期进行保留生育功能手术的专科特色。妇科现宫腹腔镜手术率达95%以上，其中三四级手术腔镜率70%。

常规开展：腹腔镜或开腹妇科恶性肿瘤根治或分期手术，子宫内膜异位症手术及综合治疗；多途径多方式个体化的子宫脱垂及尿失禁的治疗；宫腔镜及宫腔镜冷刀技术进行如宫腔粘连、II型黏膜下肌瘤切除等宫腔整复手术；月经病如多囊卵巢综合症等内分泌疾病诊治。