高危儿管理门诊正式成立于2016年，是淮安地区唯一一家设有高危儿管理科的医院。其高危儿门诊于2007年已开设，主要面向本院新生儿病房出院的高危儿进行定期随访，且服务对象逐渐扩展到本市各兄弟医院及周边外市新生儿病房出院的患儿。近年来进一步完善高危儿分级分类管理制度，设有高危儿A类门诊和高危儿B类门诊，高危儿A类门诊由儿童保健科具有多年中级职称资质及以上的医师坐诊，B类门诊均由高级职称医师坐诊。

目前科室主要负责高危儿管理科的各项常规工作。2017年3月国家卫计委发布早产儿保健工作规范及早产儿保健服务指南。于同年7月开始对高危早产儿进行个案管理，并于2018年上线高危儿电子随访档案。